Toen
in Nederland de oorlog uitbrak wisten de Duitsers het
radiozendstation snel te vinden. Op 11 mei 1940 kwamen de eerste
soldaten van de Wehrmacht naar Radio Kootwijk. Radio Kootwijk is
tijdens het Interbellum gebouwd als zendstation tussen Nederland en
Nederlands-Indië. De Duitsers daar in tegen maakte er dankbaar
gebruik van voor het contact met hun onderzeeboten in de Atlantische
oceaan. Op het dak van verschillende gebouwen zijn meerdere stukken
geschut geplaatst en er werden enkele schuilkelders aangebracht. Aan
het einde van de oorlog is het overgebleven zendapparatuur door de
Duitsers vernietigd en lieten ze de zendmasten neerkomen op gebouw A
in de hoop deze onbruikbaar te maken. Na de oorlog is het door de
Duitsers buit gemaakte apparatuur in Duitsland terug gevonden en
uiteindelijk weer terug geplaatst in Kootwijk.